Une fois définies les unités de base que sont les neurones, le choix d'une architecture de connexion définit à proprement parler le système que l'on souhaite étudier. En fixant l'architecture du réseau, on détermine la fonctionnalité attachée à des neurones ou à des groupes de neurones (couches d'entrée ou de sortie, couches d'associations). Ceci vaut aussi bien pour les systèmes à visée applicative que pour les systèmes qui modélisent des fonctionnalités biologiques.
Le fait de fixer le modèle introduit donc une certaine dose d'arbitraire, et nécessite l'intervention active du concepteur (au même titre, mais à un moindre degré, que les systèmes à base de connaissance). Il existe cependant des méthodes permettant de sélectionner les architectures par évolution à l'aide d'algorithmes génétiques [50].
On peut distinguer trois grands types d'architectures neuronales :
Ce type de modèle a ouvert de nouvelles perspectives en terme de modélisation neurobiologique, dans la mesure où il met en évidence un mode de calcul radicalement nouveau, avec une information répartie sur tous les couplages, et des neurones qui ne sont pas différenciés fonctionnellement : il n'y a pas de neurone d'entrée, ou de neurone de sortie. Les neurones sont impliqués collectivement dans la reconstruction ou l'interprétation de la configuration d'activations initiale.
Ce voisinage peut correspondre à une proximité physique de la stimulation, comme par exemple dans le cadre du traitement d'un champ visuel, et dans ce cas l'architecture est conforme par avance à la structure des données que l'on souhaite apprendre (par exemple repérer des contours sur une image). Dans le cadre des cartes auto-organisatrices [36], c'est au contraire la structure interne de grille qui conditionne la classification et l'interprétation des données de l'espace d'entrée.
Il existe une grande quantité d'architectures intermédiaires qui marient plusieurs des aspects présentés séparément. On peut citer en particulier l'architecture NARX [42], qui possède une architecture de type feed forward, avec une partie des sorties qui rebouclent sur les entrées.
Certains auteurs [51] ont montré l'intérêt de modèles décrivant le comportement dynamique des neurones. Dans le cadre d'applications connexionnistes, le contrôle de systèmes chaotiques pourrait s'avérer optimal en termes de codage d'information [52]. Plusieurs modèles de mémoire, qui exploitent les propriétés des dynamiques chaotiques, ont été proposées dans le cadre d'architectures récurrentes [53] ou à plus proches voisins [54].